Localizado no Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) em Petrópolis, o maior supercomputador da América Latina poderá ser usado por pesquisadores e cientistas gratuitamente para realizar estudos sobre o novo coronavírus, causador da Covid-19. O LNCC já está recebendo inscrições de projetos pela internet.
O supercomputador é capaz de chegar ao processamento total de aproximadamente 5,1 quatrilhões de operações matemáticas por segundo. Os pesquisadores terão acesso gratuito ao software Parabricks da NVIDIA Enterprise para otimizar o tempo na busca de uma vacina ou um medicamento.
O Parabricks é capaz de reduzir o tempo de análise de um genoma humano inteiro de dois dias para menos de uma hora, o que poderá ajudar no entendimento da evolução do vírus e do desenvolvimento de vacinas.
De acordo com o responsável pela Coordenação de Tecnologia da Informação e Comunicação do Laboratório Nacional de Computação Científica, Wagner Vieira Leo, atualmente, estão sendo conduzidas três pesquisas relacionados ao coronavírus, pela Universidade Federal de Juiz de Fora, pela Universidade de São Paulo (USP) e pelo próprio LNCC.
“A gente espera que outras pesquisas venham a usar o supercomputador”, disse Wagner Leo, ressaltando que o software é uma ferramenta que tem sido elogiada pelos pesquisadores: “Vai ajudar muito na busca da cura.”
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Leo explica que o acesso à máquina é feito de forma remota, pela internet. Os interessados em usar essas ferramentas para pesquisas relacionadas ao novo coronavírus devem enviar o projeto pelo link https://jems.sbc.org.br/Paper.cgi?c=3557&track=8039 com o formulário oficial.
Além das pesquisas sobre o coronavírus, o supercomputador é usado em cerca de 150 projetos que atendem a exploração de petróleo e gás, carvão mineral e energias renováveis, desenvolvimento de fármacos para HIV, estudos sobre clima, e pesquisas dos vírus zika e da dengue.
O LNCC é uma unidade de pesquisa do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações e faz parte da Rede Vírus, criada em março para mobilizar unidades de pesquisa, institutos de Ciência e Tecnologia e laboratórios em resposta à emergência da Covid-19. A rede reúne especialistas, representantes de governo, agências de fomento do ministério, centros de pesquisa e universidades.
Mais sobre o Parabricks
Para otimizar o processo, o supercomputador foi atualizado com 376 GPUs Tesla V100 da NVIDIA em dezembro de 2019, passando para a capacidade de processamento total de aproximadamente 5,1 quatrilhões de operações por segundo. O que gera um aumento de aproximadamente 360% se comparado às especificações originais de 2015 de 1,1 petaflops.
O Parabricks usa GPUs para acelerar a análise do genoma em 50 vezes a velocidade de servidor para servidor. Este software pode reduzir o tempo para analisar um genoma humano inteiro de 2 dias para menos de uma hora. Dada a disseminação sem precedentes da pandemia, gerar resultados em horas, em vez de dias, pode ter um impacto extraordinário no entendimento da evolução do vírus e do desenvolvimento de vacinas.
”O supercomputador Santos Dumont será utilizado para o processamento de exomas e genoma humanos e genomas da Covid-19. Com o pacote NVIDIA Parabricks Genome Analisys Toolkit (GATK), executado nos nós com GPU, buscaremos variantes nas amostras de DNA de paciente e do vírus, para entendermos o comportamento da doença em diferentes indivíduos para dar suporte a estratégias de como enfrentar a pandemia”, explica Luiz Gonzaga, tecnologista do Laboratório de Bioinformática do LNCC.
Fontes: Agência Brasil e LNCC
